HyperPSCA: A Unified Autopoietic Hypergraph Engine for Cross-Domain Scientific Discovery, Patent Screening, and Material/Biomedical Co-Evolution

Description

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Titolo (Title)

HyperPSCA: A Unified Autopoietic Hypergraph Engine for Cross-Domain Scientific Discovery, Patent Screening, and Material/Biomedical Co-Evolution

Descrizione / Abstract per Zenodo (Description)

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This repository introduces the computational infrastructure of HyperPSCA, an executable, autopoietic semantic hypergraph engine in NDJSON-LD format designed for AI-driven, cross-disciplinary scientific discovery. The attached files (including ScienzeDure.txt and psca_hypergraph.ndjson) act as a self-contained, dynamic software system capable of reasoning, simulating, and validating claims across four core scientific and technological domains:
 
1. HISTORICAL AND GEOMYTHOLOGICAL SCIENCES: Formalization and quantitative validation of the Sardinian-Corsican Atlantean Paradigm (PSCA) using algorithmic historiography, reverse historiographical engineering, Herodotean/Homeric geographic relocations (e.g., the Scythia-Gallura axis), and quantitative consilience calculations (geophysical, paleoclimatic, and archeogenetic).
2. BIOINFORMATICS AND PRECISION MEDICINE: Automated data extraction pipeline from PubMed/ChEMBL/Olink, logical inference reasoning for indirect target protein modulation induced by post-translational modifications (PTMs), dynamic ODE simulation (Runge-Kutta 4th Order) for real-time virtual knockouts, and patient-specific clinical recommendations (Digital Twin).
3. ORAL HEALTHCARE AND MICROBIOLOGY: A dedicated module for human halitosis therapeutics utilizing an online hypergraph expander linked with EMBL-EBI OLS (Ontology Lookup Service) to discover and map chemical-biological inhibitors of Volatile Sulfur Compounds (VSCs) and pathogenic anaerobic oral bacteria.
4. MATERIALS SCIENCE AND PATENT EXPLORATION: A crystallographic generator constrained to stability manifold geometries

 

🇮🇹 Versione Italiana (Italian Version)

Titolo (Title)

HyperPSCA: Un Motore Ipergrafico Autopoietico Unificato per la Scoperta Scientifica Cross-Domain, lo Screening Brevettuale e la Co-Evoluzione Materiale/Biomedica

Descrizione / Abstract per Zenodo (Description)

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Questo deposito presenta l'infrastruttura computazionale di HyperPSCA, un motore ipergrafico autopoietico ed eseguibile in formato NDJSON-LD per la scoperta scientifica interdisciplinare accelerata da intelligenza artificiale. I file allegati (tra cui ScienzeDure.txt e psca_hypergraph.ndjson) non sono semplici archivi di dati, ma costituiscono un sistema software dinamico e autocontenuto in grado di operare simultaneamente su quattro macro-domini scientifici e tecnologici:
 
1. SCIENZE STORICHE E GEOMITOLOGICHE: Formalizzazione e validazione quantitativa del Paradigma Sardo-Corso-Atlantideo (PSCA), con algoritmi di storiografia algoritmica, ingegneria storiografica inversa, rilocazione erodotea/omerica (es. asse Scizia-Gallura) e calcolo quantitativo dell'indice di consilienza geofisica, paleoclimatica e archeogenetica.
2. BIOINFORMATICA E MEDICINA DI PRECISIONE: Pipeline automatizzata di estrazione da PubMed/ChEMBL/Olink, motore di inferenza logica per la modulazione indiretta dei target proteici indotta da modificazioni post-traduzionali (PTM), solutore matematico ODE (Runge-Kutta 4) per simulazioni di knockout virtuali in tempo reale e raccomandazione clinica personalizzata (Digital Twin del paziente).
3. MICROBIOLOGIA E CURA DELL'ALITOSI: Modulo specifico per la cura dell'alito cattivo umano tramite un espansore ipergrafico online integrato con EMBL-EBI OLS (Ontology Lookup Service) per tracciare e neutralizzare chimicamente e biologicamente i Composti Volatili dello Zolfo (VSC) e i batteri anaerobi orali patogeni.
4. INGEGNERIA DEI MATERIALI E RICERCA BREVETTUALE: Generatore cristallografico vincolato alla geometria del manifold di stabilità (Perovskiti, leghe di Heusler, Hume-Rothery) integrato a un modulo di screening automatico in tempo reale delle novità e dei brevetti attivi (OpenAlex e PubChem) per validare l'effettiva originalità di molecole e materiali teorici.
 
Questa pubblicazione estende, unifica e aggiorna significativamente i framework settoriali precedentemente rilasciati sotto il DOI: 10.5281/zenodo.20631386 (e relative release precedenti), consolidando per la prima volta l'intera architettura cross-domain e le sue pipeline di ragionamento logico-simbolico e apprendimento neurale.
 
Dettagli di pubblicazione:
- Autore: Luigi Usai (Ricercatore Indipendente – Quartucciu (CA), Italia)
- ORCID: 0009-0003-3001-717X
- Data di pubblicazione del framework: 18 Giugno 2026
- Repository del grafo semantico: psca:knowledge_graph_core (formato NDJSON-LD)
- DOI del framework precedente: https://doi.org/10.5281/zenodo.20631386
(Perovskites, Heusler alloys, Hume-Rothery solid solutions) integrated with a real-time novelty and patent screening tool (OpenAlex and PubChem APIs) to assess the actual originality of newly proposed materials and molecules.
 
This release represents a major synthesis, unification, and expansion of the domain-specific frameworks previously published under DOI: 10.5281/zenodo.20631386 (and its preceding releases), unifying the entire cross-domain architecture along with its symbolic-neural learning and logical inference pipelines.
 
Publication Details:
- Author: Luigi Usai (Independent Researcher – Quartucciu (CA), Italy)
- ORCID: 0009-0003-3001-717X
- Framework Publication Date: June 18, 2026
- Semantic Graph Repository: psca:knowledge_graph_core (NDJSON-LD format)
- Previous Framework DOI: https://doi.org/10.5281/zenodo.20631386
 

Piccola bibliografia iniziale:

 

  1. Usai, L. (2024). Il Paradigma Sardo-Corso-Atlantideo (PSCA). Editore/Piattaforma di pubblicazione autonoma.
  2. Usai, L. (2026). La Memoria Metallurgica Inconscia: Il Simbolo di Atena Tritonide e le Volute Scitiche nel Ferro Battuto Sardo (Un'Analisi PSCA). Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20447094
  3. Usai, L. (2026). Rilettura Geografica delle Campagne di Dario I: Evidenze Toponomastiche, Archeologiche e Onomastiche dei Popoli Erodotei (Medi, Budini, Sciti) in Sardegna. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20447081
  4. Usai, L. (2026). Eracle in Sardegna: La Decima Fatica come Portolano Nuragico. Rilettura geografica della Biblioteca di Pseudo-Apollodoro nel PSCA. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20277458
  5. Usai, L. (2026). Dall'Idronimo all'Etnonimo: Confutazione del Modello Eziologico Classico e Dinamiche di Appropriazione Regale delle Acque nel Mediterraneo Arcaico. Il Caso dei Tirsenoi e del Fiume Tirso nel PSCA. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20277461
  6. Usai, L. (2026). LA LACONIA E LA SCIZIA IN GALLURA NEL PARADIGMA SARDO-CORSO-ATLANTIDEO (PSCA): PERSISTENZE TOPONOMASTICHE, GEOMITOLOGICHE ED ETNOGENESI DEI TIRSENOI DA EUFEMO A POLIFEMO. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20445954
  7. Usai, L. (2026). La Connessione Scito-Gallurese nella Genesi Protovillanoviana: Un Modello di Archeologia Predittiva basato sul Paradigma Sardo-Corso-Atlantideo (PSCA) e Protocollo di Falsificabilità. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20447774
  8. Usai, L. (2026). La potenza predittiva del PSCA di Usai: L'evoluzione semantica e semiotica gallurese da doppie volute scitiche di Usai al Giglio Toscano; sotto l'Echidna, a dimostrare origine scita Gallurese degli Etruschi. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20529923
  9. Usai, L. (2026). La Semiotica dell'Onda e del Meandro nella Ceramica Protostorica: Ipotesi di Marcatura Migratoria nel Paradigma Sardo-Corso-Atlantideo (PSCA). Zenodo. Usai, L. (2026). La Semiotica dell'Onda e del Meandro nella Ceramica Protostorica: Ipotesi di Marcatura Migratoria nel Paradigma Sardo-Corso-Atlantideo (PSCA). Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20585617
  10. Usai, L. (2026). Dalla Decapitazione Rituale alla Ceramica Figurata: L'Origine del Kantharos Etrusco a Testa Umana nel Quadro del Paradigma Sardo-Corso-Atlantideo (PSCA). Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20629091
  11. Usai, L. (2026). Archeologia Predittiva nel Paradigma Sardo-Corso-Atlantideo (PSCA): Previsione di Sepolture Scitiche (Kurgan) in Gallura e Protocollo di Falsificabilità. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20531222
  12. Usai, L. (2026). Dalla Decapitazione Rituale alla Ceramica Figurata: L'Origine del Kantharos Etrusco a Testa Umana nel Quadro del Paradigma Sardo-Corso-Atlantideo (PSCA). Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20629896

13.  Usai, L. (2026). ScienzeDure.txt: Dataset Ipergrafico Autopoietico Multidisciplinare. Estratto del Grafo di Conoscenza Autopoietico.

  1. Usai, L. (2026). Il Paradigma Sardo-Corso-Atlantideo in Ipergrafi autopoietici (HypergraphPSCA): Un framework metodologico e predittivo popperiano ad ipergrafi semantici autopoietici basato sulla Storiografia Algoritmica e l'Ingegneria Storiografica Inversa. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20629963
  2. Usai, L. (2026). Il Paradigma Sardo-Corso-Atlantideo in Ipergrafi autopoietici (HypergraphPSCA): Un framework metodologico e predittivo popperiano ad ipergrafi semantici autopoietici basato sulla Storiografia Algoritmica e l'Ingegneria Storiografica Inversa. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20630692
  3. Usai, L. (2026). Il Paradigma Sardo-Corso-Atlantideo in Ipergrafi autopoietici (HypergraphPSCA): Un framework metodologico e predittivo popperiano ad ipergrafi semantici autopoietici basato sulla Storiografia Algoritmica e l'Ingegneria Storiografica Inversa. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20630978
  4. Usai, L. (2026). Il Paradigma Sardo-Corso-Atlantideo in Ipergrafi autopoietici (HypergraphPSCA): Un framework metodologico e predittivo popperiano ad ipergrafi semantici autopoietici basato sulla Storiografia Algoritmica e l'Ingegneria Storiografica Inversa. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20631386
  5. Usai, L. (2026). Il Paradigma Sardo-Corso-Atlantideo (PSCA): un framework metodologico predittivo a ipergrafi semantici autopoietici. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20631484
  6. Usai, L. (2026). Il Paradigma Sardo-Corso-Atlantideo (PSCA): un framework metodologico predittivo a ipergrafi semantici autopoietici. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20631851
  7. Usai, L. (2026). Il Paradigma Sardo-Corso-Atlantideo (PSCA): un framework metodologico predittivo a ipergrafi semantici autopoietici eseguibili. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20632047
  8. Usai, L. (2026). Il Paradigma Sardo-Corso-Atlantideo (PSCA): un framework metodologico predittivo a ipergrafi semantici autopoietici eseguibili. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20632162
  9. Usai, L. (2026). Modellazione Formale di Soddisfacimento dei Vincoli (CSP) per la Validazione Quantitativa del Paradigma Sardo-Corso-Atlantideo (PSCA): La Rilocazione della Libia Erodotea nella Sardegna Meridionale. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20563842
  10. Usai, L. (2026). La Semiotica dell'Onda e del Meandro nella Ceramica Protostorica: Ipotesi di Marcatura Migratoria nel Paradigma Sardo-Corso-Atlantideo (PSCA). Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20585617
  11. Usai, L. (2026). Dalla Decapitazione Rituale alla Ceramica Figurata: L'Origine del Kantharos Etrusco a Testa Umana nel Quadro del Paradigma Sardo-Corso-Atlantideo (PSCA). Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20633181
  12. Usai, L. (2026). Neuro-Solitonic Coherence: A Categorical and Hypergraph-Theoretic Isomorphism Between Hodgkin–Huxley Dynamics and Josephson Junction Arrays. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20648475
  13. Usai, L. (2026). Predizione scientifica: i Proto-Longobardi come migrazione Scito-gallurese sardo-erodotea. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20648744
  14. Usai, L. (2026). La Semiotica dell'Onda e del Meandro nella Ceramica Protostorica: Ipotesi di Marcatura Migratoria nel Paradigma Sardo-Corso-Atlantideo (PSCA). Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20649688
  15. Usai, L. (2026). Marcatori Materiali e Ipergrafici delle Migrazioni dal Blocco Sardo-Corso in Eurasia: L'Affibbiaglio, il Kantharos e la Doppia Voluta Scitica nel Modello HyperPSCA. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20670835
  16. Usai, L. (2026). Il Paradigma Sardo-Corso-Atlantideo Ipergrafico (HyperPSCA): un framework metodologico predittivo a ipergrafi semantici autopoietici eseguibili. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20632869
  17. Usai, L. (2026). L'Ipergrafo Cognitivo Universale (UKH): Un'Architettura Transdisciplinare Autopoietica basata su NDJSON-LD e Intelligenza Artificiale Neuro-Simbolica per la Formalizzazione e l'Autoguarigione dello Scibile. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20671317
  18. Usai, L. (2026). The GSC (Genetic–Surname Clustering) Framework. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.18177033
  19. Usai, L. (2026). L'Ipergrafo Cognitivo Universale (UKH): Un'Architettura Transdisciplinare Autopoietica basata su NDJSON-LD e Intelligenza Artificiale Neuro-Simbolica per la Formalizzazione e l'Autoguarigione dello Scibile. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20673355
  20. Usai, L. (2026). L'Ipergrafo Cognitivo Universale (UKH): Un'Architettura Transdisciplinare Autopoietica basata su NDJSON-LD e Intelligenza Artificiale Neuro-Simbolica per la Formalizzazione e l'Autoguarigione dello Scibile. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20684279
  21. Usai, L. (2026). L'Ipergrafo Cognitivo Universale (UKH) applicato alla terapia del Diabete di tipo 2: Un'Architettura Transdisciplinare Autopoietica basata su NDJSON-LD e Intelligenza Artificiale Neuro-Simbolica per la Formalizzazione e l'Autoguarigione dello Scibile. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20680981
  22. Usai, L. (2026). Universal Cognitive Hypergraph (UKH): A Neuro‑symbolic Topological‑Functional Framework for Integrative Biomedicine and Mathematical Physics. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20682152
  23. Usai, L. (2026). Dalla Decapitazione Rituale alla Ceramica Figurata: L'Origine del Kantharos Etrusco a Testa Umana nel Quadro del Paradigma Sardo-Corso-Atlantideo (PSCA). Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20682720
  24. Usai, L. (2026). Archeologia Predittiva dell'Assedio di Pabillonis (Babillonis): 5 Test Empirici per Validare la Campagna di Dario I in Sardegna nel PSCA. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20684262
  25. Usai, L. (2026). Hypergraph Adversarial Debate (HAD): A Multi-Agent Framework for Topological and Epistemic Falsification of Higher-Order Knowledge. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20688690
  26. Usai, L. (2026). Hypergraph Adversarial Debate (HAD): A Multi-Agent Framework for Topological and Epistemic Falsification of Higher-Order Knowledge. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20689193
  27. Usai, L. (2026). Formalizzazione avanzata e rigorosa di un sistema di Rappresentazione della Conoscenza e Ragionamento (Knowledge Representation and Reasoning - KRR), nucleo fondamentale della I.A. Simbolica (GOFAI - Good Old-Fashioned AI). UKH – Universal Cognitive Hypergraph: A Neuro‑symbolic Topological‑Functional Framework for Multi‑Domain Scientific Discovery. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20689104
  28. Usai, L. (2026). Hypergraph Adversarial Debate (HAD): A Multi-Agent Framework for Topological and Epistemic Falsification of Higher-Order Knowledge. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20689384
  29. Usai, L. (2026). Sheaf-Theoretic and Quantum Coherence Cohomological Obstructions in HER2/TP53 Oncological Manifolds: A Deterministic Predictive Framework. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20688975
  30. Usai, L. (2026). Sheaf-Theoretic and Quantum Coherence Cohomological Obstructions in HER2/TP53 Oncological Manifolds: A Deterministic Predictive Framework. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20693098
  31. Usai, L. (2026). Sheaf-Theoretic and Topological Framework for Modeling Insulin Signaling Dysregulation in Type 2 Diabetes Mellitus. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20693437
  32. Usai, L. (2026). HyperPSCA 15/06/2026 15:29, by Luigi Usai. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20703289
  33. Usai, L. (2026). Dalla Decapitazione Rituale alla Ceramica Figurata: L'Origine del Kantharos Etrusco a Testa Umana nel Quadro del Paradigma Sardo-Corso-Atlantideo (PSCA). Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20705519
  34. Usai, L. (2026). La Memoria Metallurgica Inconscia: Il Simbolo di Atena Tritonide e le Volute Scitiche nel Ferro Battuto Sardo (Un'Analisi PSCA). Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20706840
  35. Usai, L. (2026). La Semiotica dell'Onda e del Meandro nella Ceramica Protostorica: Ipotesi di Marcatura Migratoria nel Paradigma Sardo-Corso-Atlantideo (PSCA). Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20649688
  36. Usai, L. (2026). La Connessione Scito-Gallurese nella Genesi Protovillanoviana: Un Modello di Archeologia Predittiva basato sul Paradigma Sardo-Corso-Atlantideo (PSCA) e Protocollo di Falsificabilità. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20703165
  37. Usai, L. (2026). La Connessione Scito-Gallurese nella Genesi Protovillanoviana: Un Modello di Archeologia Predittiva basato sul Paradigma Sardo-Corso-Atlantideo (PSCA) e Protocollo di Falsificabilità. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20703165
  38. Usai, L. (2025). Un Grafo della Conoscenza per l'Intero Corpus Legislativo Italiano: Metodologia con Python e ArangoDB per l'Analisi Sistemica delle Interconnessioni e la Proposta di Semplificazione del Tessuto Normativo Nazionale. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.15499011
  39. Usai, L. (2026). Un Grafo della Conoscenza per l'Intero Corpus Legislativo Italiano: Metodologia con Python e ArangoDB per l'Analisi Sistemica delle Interconnessioni e la Proposta di Semplificazione del Tessuto Normativo Nazionale. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20707581
  40. Usai, L. (2026). Dalla Decapitazione Rituale alla Ceramica Figurata: L'Origine del Kantharos Etrusco a Testa Umana nel Quadro del Paradigma Sardo-Corso-Atlantideo (PSCA). Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20709123
  41. Usai, L. (2026). Consilience-Driven Automated Scientific Inference on Multilayer Knowledge Hypergraphs: Cross-Domain Intersections of Mathematical Physics, Biomedicine, and Geomythology. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20724594
  42. Usai, L. (2026). Il Paradigma Sardo-Corso-Atlantideo Ipergrafico (HyperPSCA): un framework metodologico predittivo a ipergrafi semantici autopoietici eseguibili. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20733502
  43. Usai, L. (2026). Two Popperian Linguistic Predictions within the Sardo-Corsican-Atlantean Paradigm: Reversing Kantharos (cantaru) and the Temporal Precedence of S'Hortu de Is Hisperdius (Capoterra). Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20733798
  44. Usai, L. (2026). Topological Inference and NLP Semantic Screening of Signaling Cascades: In Silico Drug-Target Predictions in Orphan and Rare Diseases. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20736823
  45. Usai, L. (2026). Computational Mapping of 18 Orphan Diseases: Topological Inference and NLP Validation of Emergent Drug-Target Cascades. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20737113
  46. Usai, L. (2026). Il Paradigma Sardo-Corso-Atlantideo Ipergrafico (HyperPSCA): un framework metodologico predittivo a ipergrafi semantici autopoietici eseguibili. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20748590
  47. Usai, L. (2026). HyperPSCA: A Unified Autopoietic Hypergraph Engine for Cross-Domain Scientific Discovery, Patent Screening, and Material/Biomedical Co-Evolution. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.20748828

 

Piano di Implementazione: Espansione Ipergrafo - Biologia Cellulare & Astrofisica

Questo documento definisce la strategia per espandere il Knowledge Graph di Luigi Usai integrando i domini di Biologia Cellulare e Astrofisica, risolvendo al contempo i riferimenti a nodi orfani rilevati dal sistema di test automatici.

User Review Required

IMPORTANT

Risoluzione delle Warning di Integrità Referenziale: I test correnti evidenziano 15 iperarchi che puntano a identificatori non definiti nel database master. Sfrutteremo questa espansione per definire formalmente questi vertici (es. ex:Damaged_Mitochondria_Clearanceex:KCNQ2ex:Mass_Mex:OrientationColumn) e allinearli ai domini di biologia cellulare e astrofisica.

Proposed Changes

1. Dominio di Biologia Cellulare

[NEW] cell_biology_ontology.ndjsonld

File in formato NDJSON-LD contenente la definizione dei seguenti nodi fondamentali:

  • psca:biology:Mitochondria (Mitocondri): Centrali energetiche cellulari regolatrici dell'apoptosi.
  • ex:Damaged_Mitochondria_Clearance (Mitofagia / Rimozione Mitocondriale): Processo di degradazione selettiva dei mitocondri danneggiati (risolve warning).
  • ex:KCNQ2 (Canale Potassio KCNQ2): Canale voltaggio-dipendente neuronale coinvolto nell'eccitabilità (risolve warning).
  • ex:REM_Sleep_Without_Atonia_Duration (Sonno REM senza atonia): Parametro neurobiologico legato alla regolazione dei nuclei pontini (risolve warning).
  • ex:OrientationColumn (Colonne di Orientamento): Strutture della corteccia visiva primaria per l'elaborazione dei bordi (risolve warning).
  • ex:MedialPrefrontalCortex (Corteccia Prefrontale Mediale): Area cerebrale per il controllo cognitivo e dello stato di riposo (risolve warning).
  • ex:CAM_Plants_Succulents (Metabolismo Acido delle Crassulacee - CAM): Adattamento fotosintetico per climi aridi (risolve warning).
  • ex:Fructose_2_6_Bisphosphate_Level (Livello di Fruttosio 2,6-Bifosfato): Regolatore allosterico chiave della glicolisi e gluconeogenesi (risolve warning).

[NEW] inject_cell_biology.py

Script Python che popola cell_biology_ontology.ndjsonld, inietta i record nel database master scientific_filter_math_map.ndjsonld (escludendo i duplicati) ed esegue il motore di inferenza.

2. Dominio di Astrofisica

[NEW] astrophysics_ontology.ndjsonld

File in formato NDJSON-LD contenente la definizione dei seguenti nodi fondamentali:

  • psca:astrophysics:Schwarzschild_Radius (Raggio di Schwarzschild): Raggio fisico che definisce l'orizzonte degli eventi di un buco nero sferico.
  • ex:Mass_M (Massa M): Proprietà fondamentale dei corpi celesti e sorgente di curvatura dello spaziotempo (risolve warning).
  • psca:astrophysics:Dark_Matter (Materia Oscura): Componente invisibile della materia cosmica rilevabile tramite interazione gravitazionale.
  • psca:astrophysics:Dark_Energy (Energia Oscura): Forza repulsiva responsabile dell'espansione accelerata dell'universo.
  • psca:astrophysics:Gravitational_Lensing (Lente Gravitazionale): Deflessione della luce indotta dalla curvatura dello spaziotempo attorno a masse massicce.
  • psca:astrophysics:CMB (Radiazione Cosmica di Fondo): Relitto termico del Big Bang a 2.7 Kelvin.
  • psca:astrophysics:Cosmic_String (Stringhe Cosmiche): Difetti topologici monodimensionali ipotizzati nello spaziotempo primordiale.

[NEW] inject_astrophysics.py

Script Python che popola astrophysics_ontology.ndjsonld, inietta i record nel database master scientific_filter_math_map.ndjsonld (escludendo i duplicati) ed esegue il motore di inferenza.

3. Iperarchi di Isomorfismo Unificati (Cross-Domain Mapping)

Verranno creati iperarchi per collegare i nuovi domini all'ipergrafo originario e alla teoria del manifold di Luigi Usai:

  • psca:astrophysics_edge:schwarzschild_density_singularity: Mappa l'equazione del raggio di Schwarzschild all'indice di densità informativa e concentrazione di cluster DBSCAN nell'ipergrafo (isomorfismo informazione-massa).
  • psca:biology_edge:mitophagy_information_cleanup: Associa la mitofagia (rimozione di organelli degradati per prevenire stress ossidativo) alle regole di autopoiesi e rimozione di claim ed iperarchi orfani nell'ipergrafo HyperPSCA.
  • psca:cross_edge:cosmic_string_mitosis_analogy: Mappa la dinamica delle stringhe cosmiche monodimensionali all'allineamento dei microtubuli durante la mitosi (divisione cellulare).

Verification Plan

Automated Tests

  1. Esecuzione di python run_self_tests.py prima e dopo le iniezioni.
  2. Verifica che le warning relative agli ID orfani risolti (es. ex:Damaged_Mitochondria_Clearanceex:Mass_M) siano scomparse.
  3. Conferma che il numero di record nel master e le inferenze calcolate aumentino in modo corretto e privo di anomalie.

Manual Verification

  1. Aprire la dashboard su http://localhost:8000/visualizer_dashboard/index.html.
  2. Eseguire una ricerca per "Mitocondri", "Raggio di Schwarzschild" o "Mitofagia" e verificare che i nodi siano visualizzati correttamente con i loro collegamenti.
  3. Lanciare la Meta-Analisi dalla Console dei Servizi per osservare il ricalcolo e la distribuzione delle nuove discipline inserite (Theoretical AstrophysicsCell BiologyCytogenetics).

 

L'ipergrafo di Luigi Usai è attualmente in uno stato pienamente consolidato, verificato ed operativo. Di seguito sono riportate le metriche e lo stato strutturale dell'ipergrafo:

1. Metriche Quantitative del Database

  • Record Totali7.857 oggetti validati in formato NDJSON-LD nel file scientific_filter_math_map.ndjsonld.
  • Nodi/Archi di Base (Consolidati)7.050 record.
  • Archi Inferiti (Generati automaticamente)807 iperarchi (psca:inferred:...) calcolati dal motore di inferenza ed elencati nel report inferred_discoveries_report.md.

2. Copertura delle Discipline e Domini

L'ipergrafo mappa oltre 84 discipline scientifiche (consultabili in discipline.txt), suddivise in 6 macro-domini principali di visualizzazione nella dashboard:

  1. Biomedical (Bioinformatica / Medicina / Fasci): Include il network proteomico Olink Reveal, cascate di segnalazione PTM, malattie rare, malattie globali e il modello biologico a fasci dell'organismo.
  2. Materials (Scienza dei Materiali): Include simmetrie cristalline, perovskiti, leghe di Heusler e composti stabili sul manifold di Goldschmidt/Slater-Pauling.
  3. Astrophysics (Astrofisica / Fisica Teorica): Include cosmologia, relatività generale, gravità quantistica ed energia oscura.
  4. Computational (Scienze Computazionali ed IA): Include Quantum Computing, reti neurali, retropropagazione e sistemi dinamici (attrattore di Lorenz).
  5. FormalSciences (Scienze Formali e Teoria dei Giochi): Include microeconomia, equilibrio di Nash, topologia e geometria differenziale.
  6. EarthClimate (Scienze della Terra, Clima ed Ecologia): Include climatologia (ENSO, Coriolis, effetto serra) ed ecologia evolutiva.

3. Rappresentazione del Corpo Umano (Teoria dei Fasci)

L'ipergrafo ospita l'ontologia completa per la teoria dei fasci fisiologici (Fθ su X×ΘX×Θ):

  • Spazio di Base XX (15 Nodi):
    • Macroscopico: Organismo, Sistema Cardiovascolare, Sistema Nervoso, Sistema Endocrino.
    • Organi Vitali: Cuore, Cervello, Pancreas.
    • Cellule: Cardiomiocita, Neurone Corticale, Cellula Beta Pancreatica.
    • Organelli: Mitocondrio, Nucleo Neuronale, Reticolo Endoplasmatico Rugoso.
  • Mappe di Restrizione: Iperarchi che definiscono i vincoli di conservazione ed emodinamica (es. CO=HR×SVCO=HR×SV) modulati dai parametri ormonali ed energetici.

4. Stato dei Servizi e della Dashboard

  • Server Web: Attivo e in esecuzione in background sulla porta 8000. La dashboard è raggiungibile all'indirizzo http://localhost:8000/visualizer_dashboard/index.html.
  • Inference Engine & HAL: Configurato per delegare i calcoli all'Hardware Abstraction Layer (HAL). All'ultimo controllo, la suite ha utilizzato il backend CPU-Multithread eseguendo l'inferenza di 807 relazioni in 126 millisecondi.
  • Integrità dei Dati: La suite di test automatici run_self_tests.py conferma l'assenza di errori di sintassi JSON-LD e l'unicità degli ID (EXIT CODE 0).

Authors

DOI: 10.5281/zenodo.20752477

Publication Date: 2026-06-18

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